Santé

L’intelligence artificielle peut-elle nous aider à restaurer la confiance dans la science ?

par David Smadja et Léa Behr le 22 septembre 2026
L’intelligence artificielle est régulièrement présentée comme une menace pour la fiabilité de l’information scientifique. Mais une publication récente dans Nature ouvre une perspective presque inverse : et si l’IA permettait aussi de rendre la science plus accessible, plus reproductible et donc, peut-être, plus digne de confiance ?

Depuis la pandémie de Covid-19, une question préoccupe la communauté médicale et scientifique : comment restaurer la confiance dans la science dans un monde où l’information circule désormais beaucoup plus vite que la connaissance scientifique ?

Le paradoxe est saisissant. Jamais autant de connaissances scientifiques n’ont été accessibles. En quelques secondes, chacun peut consulter une publication, rechercher une étude ou interroger une intelligence artificielle sur pratiquement n’importe quelle question médicale. Mais jamais il n’a peut-être été aussi difficile de distinguer une donnée robuste d’une affirmation simplement vraisemblable. La pandémie nous l’a montré de manière spectaculaire. Nous avons assisté presque en temps réel à la confrontation de deux temporalités radicalement différentes.

D’un côté, le temps scientifique : formuler une hypothèse, recueillir des données, les analyser, publier, confronter les résultats à ceux d’autres équipes, parfois se tromper et corriger. De l’autre, le temps numérique : quelques secondes pour publier une affirmation et quelques heures pour qu’elle soit vue par des millions de personnes. Une étude préliminaire, un cas clinique isolé ou une hypothèse non démontrée peuvent ainsi devenir viraux bien avant que la communauté scientifique ait eu le temps de les vérifier.

La confiance scientifique ne peut pas être décrétée. Elle doit se construire sur la rigueur, l’éducation scientifique et la compréhension des mécanismes permettant de produire et de valider une connaissance. La crise sanitaire a montré combien la science est une construction progressive : elle ne délivre pas instantanément des certitudes ; elle produit des connaissances qui se renforcent, se corrigent et se confrontent. 

Quand la viralité concurrence la vérité

L’intelligence artificielle générative rend cette question encore plus importante. Elle permet désormais de produire en quelques secondes des textes structurés, argumentés et apparemment scientifiques. Le danger n’est donc plus seulement la fausse information grossière. C’est aussi l’apparition d’une information fausse mais vraisemblable, accompagnée éventuellement de références, de graphiques ou d’un vocabulaire donnant toutes les apparences de la rigueur. La désinformation médicale a changé de dimension depuis la pandémie.

Les réseaux sociaux, les mécanismes algorithmiques d’amplification et désormais l’intelligence artificielle permettent à des récits inexacts de circuler à une échelle et à une vitesse sans précédent. Plus préoccupant encore : les messages longs et élaborés peuvent être particulièrement persuasifs. Nous sommes donc confrontés à une transformation profonde de l’environnement scientifique et informationnel. La question n’est plus seulement : « Cette information est-elle vraie ? ». Elle devient : « Puis-je vérifier comment cette conclusion a été produite ? » Et c’est précisément sur ce terrain qu’une publication récente dans Nature mérite toute notre attention.

Quand un article scientifique devient un agent

Des chercheurs de Stanford ont développé Paper2Agent1, un système dont l’ambition est étonnante : transformer automatiquement une publication scientifique en agent d’intelligence artificielle interactif. Aujourd’hui, lorsqu’un chercheur lit un article décrivant une nouvelle méthode computationnelle, le chemin entre la publication et son utilisation peut être long. Il faut comprendre la méthode, retrouver le code source, installer les bonnes dépendances informatiques, récupérer les données et apprendre à utiliser correctement les outils développés par les auteurs. Autrement dit, publier une méthode ne signifie pas nécessairement qu’elle soit facilement réutilisable.

Paper2Agent cherche à supprimer une partie de cette barrière. Le système analyse l’article mais aussi les éléments qui l’accompagnent : code informatique, données, documents supplémentaires et workflows. Il construit ensuite des outils exécutables accessibles à un agent d’IA avec lequel le chercheur peut dialoguer en langage naturel. On ne demande donc plus seulement à l’intelligence artificielle : « Résume-moi cet article. » On peut lui demander : « Utilise la méthode décrite dans cet article sur mes propres données. » La différence est considérable.

De la connaissance publiée à la connaissance exécutable

Les chercheurs ont notamment appliqué Paper2Agent à AlphaGenome, un modèle permettant d’étudier les conséquences potentielles de variants génétiques. Les chercheurs ont notamment appliqué Paper2Agent à AlphaGenome, ainsi qu’à des outils d’analyse single-cell et de transcriptomique spatiale, montrant que le système pouvait reproduire des analyses existantes mais aussi appliquer les méthodes à de nouvelles questions.

Mais l’expérience la plus importante est probablement celle menée à plus grande échelle. Les auteurs ont soumis 100 articles de biologie computationnelle au système. Soixante-quatorze ont pu être transformés avec succès en agents. Ceux-ci ont généré 599 outils, dont 593 ont passé les tests automatisés de validation. Sur 300 questions issues des tutoriels associés à ces publications, Paper2Agent avec le modèle utilisé dans l’étude atteint une précision moyenne de 91,2 %, contre 80,3 % pour le comparateur disposant directement de l’article et du dépôt informatique. 

Ces chiffres ne signifient évidemment pas que la reproductibilité scientifique serait résolue par l’IA. Ils montrent en revanche qu’une partie de la distance séparant la publication d’une méthode de sa réutilisation effective pourrait être considérablement réduite.

Et si plusieurs articles pouvaient « travailler » ensemble ?

Paper2Agent va encore plus loin. Les chercheurs ont connecté plusieurs articles-agents afin qu’ils puissent mobiliser conjointement leurs méthodes et leurs données. Dans un exemple consacré au psoriasis, des agents issus de plusieurs publications ont combiné des prédictions génomiques avec des données expérimentales sur les lymphocytes T CD4+. Cette analyse a conduit le système à soutenir GPR137 comme gène causal probable au locus étudié, dans un mécanisme dépendant de l’activation cellulaire. Différentes publications deviennent en quelque sorte des briques scientifiques capables d’être interrogées ensemble, tandis que le chercheur reste dans la boucle pour choisir les stratégies et interpréter les résultats. Nous passons alors progressivement d’une bibliothèque composée de documents statiques à un écosystème de connaissances scientifiques potentiellement interactives. C’est une transformation potentiellement majeure de la manière dont circule la connaissance scientifique.

Une nouvelle étape pour la reproductibilité scientifique ?

C’est aussi là que Paper2Agent rejoint directement la question de la confiance. Pendant longtemps, le lecteur d’une publication scientifique devait essentiellement faire confiance au processus éditorial : les auteurs, les reviewers, la revue et, progressivement, la reproduction des résultats par d’autres équipes. L’ouverture des données et du code a commencé à modifier ce modèle. Paper2Agent pourrait constituer une étape supplémentaire : rendre une partie de la méthode directement interrogeable et exécutable.

Les auteurs avancent d’ailleurs une idée particulièrement intéressante : demain, à côté des traditionnelles rubriques Data availability et Code availability, les revues scientifiques pourraient demander une rubrique « Agent availability » indiquant si les travaux publiés peuvent être utilisés sous forme d’agent.  On peut même aller plus loin. La capacité d’une publication à être transformée en agent pourrait devenir indirectement un test de reproductibilité.

Dans l’étude, 26 des 100 articles de biologie computationnelle n’ont justement pas pu être transformés avec succès, notamment en raison de code inexécutable, de données ou modèles manquants, de problèmes de dépendances informatiques ou de scripts difficilement généralisables.  L’échec de « l’agentification » devient alors lui-même informatif : il révèle les obstacles empêchant réellement d’autres chercheurs de réutiliser le travail publié.

Mais l’IA ne doit pas devenir un nouvel argument d’autorité

Il serait toutefois dangereux d’en conclure que l’intelligence artificielle pourrait devenir un arbitre automatique de la vérité scientifique. Ce serait remplacer une confiance aveugle par une autre. Un agent peut reproduire fidèlement une méthode et néanmoins partir d’une hypothèse discutable. Un code parfaitement exécutable ne garantit pas que la question scientifique soit pertinente. Une corrélation statistique ne devient pas une causalité parce qu’elle a été calculée automatiquement. Les auteurs de Paper2Agent sont d’ailleurs explicites : la génération d’hypothèses, le choix des orientations scientifiques et l’interprétation des résultats doivent rester human-in-the-loop. Ils présentent leur système comme un outil d’augmentation de la recherche, non comme une source autonome et autoritaire de conclusions scientifiques. 

Cette distinction est fondamentale. L’IA peut exécuter, comparer, rechercher, confronter et accélérer. Mais le chercheur doit continuer à douter. Car le doute méthodique n’est pas une faiblesse de la science. Il en constitue précisément l’une des forces.

Une science exécutable n’est pas nécessairement une science vraie. Mais une science que l’on peut davantage vérifier, reproduire et contester est une science qui expose mieux ses preuves.

De l’IA qui produit du vraisemblable à l’IA qui aide à vérifier

Nous arrivons ainsi à un paradoxe passionnant. L’intelligence artificielle constitue probablement l’un des outils les plus puissants jamais créés pour produire du contenu vraisemblable à grande échelle. Elle peut donc amplifier la désinformation et rendre beaucoup plus difficile la distinction entre connaissance, opinion et manipulation. Mais les mêmes technologies pourraient aussi nous fournir de nouveaux instruments pour remonter aux sources, confronter les données, reproduire les analyses et rendre les méthodes scientifiques plus accessibles.

Dans un monde saturé de contenus générés artificiellement, la valeur d’une publication scientifique reposera peut-être de moins en moins sur sa seule capacité à être lue ou citée, et de plus en plus sur notre capacité à remonter aux données, aux méthodes et aux résultats qui la fondent. L’article scientifique de demain ne sera alors peut-être plus seulement quelque chose que nous lisons.

Il deviendra quelque chose que nous pouvons interroger, tester, reproduire, confronter et utiliser. À condition de ne jamais oublier une règle essentielle : l’intelligence artificielle peut accélérer la science ; elle ne doit jamais nous dispenser d’exercer notre esprit critique.

L’IA peut accélérer la science. Le doute, lui, doit rester humain.

David Smadja est professeur d’hématologie à l’AP-HP et à l’Université Paris Cité, responsable de la Commission Santé du Laboratoire de la République. Il est l’auteur de « La République de la prévention » aux éditions LEH.

Léa Behr est CEO de RespublicIA et membre de la Commission Santé du Laboratoire de la République.

Rendez-vous mardi 27 septembre pour la prochaine note

« Les mardis de l’innovation en santé »

Retrouvez également cette tribune sur le site du Journal du Net.

  1. Miao, J., Davis, J. R., Zhang, Y., Pritchard, J. K., & Zou, J. (2026). Reimagining research papers as interactive and reliable AI agents. Nature. https://doi.org/10.1038/s41586-026-11044-y ↩︎

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