À l’heure où l’intelligence artificielle promet de transformer la médecine, une infrastructure essentielle reste dans l’ombre : les données de santé. Qualité, accès, protection, hébergement et gouvernance conditionnent pourtant notre capacité à faire de l’innovation un véritable progrès médical. Entre la migration de la Plateforme des données de santé vers un cloud français et la mise en œuvre prochaine de l’Espace européen des données de santé (EHDS), la France se trouve à un moment charnière. Comment mieux exploiter ce patrimoine exceptionnel sans renoncer à notre souveraineté ni à la confiance des citoyens ? Pour ce nouvel épisode des Mardis de l’innovation en santé, Léa Behr et David Smadja explorent ce socle invisible mais décisif de l’innovation en santé.
Alors que l’IA s’impose comme l’un des grands récits de transformation du système de santé, un angle pourtant décisif demeure trop souvent relégué au second plan : celui des données qui la rendent possible. Leur qualité, leur disponibilité, leur protection et leur gouvernance conditionneront la capacité de la France à convertir la promesse technologique en progrès médical, industriel et démocratique. Deux échéances en font désormais un sujet stratégique : la migration de la Plateforme des données de santé vers un hébergeur français et l’entrée en application progressive de l’Espace européen des données de santé.
Depuis plusieurs années, le débat public s’est concentré sur la performance des algorithmes, leurs promesses diagnostiques, leurs risques éthiques et leur capacité à transformer les pratiques médicales. Cette focale est nécessaire, mais insuffisante. Une IA de santé n’a de valeur que par la donnée qui l’alimente : son origine, son niveau de qualité, ses conditions d’accès, son hébergement, ses usages autorisés et la confiance qu’elle inspire aux citoyens. En somme, parler uniquement des algorithmes, revient à disserter de manière exclusive sur la couleur du véhicule en oubliant ce qui le fait avancer : son carburant, les données qui l’alimente.
Les professionnels interrogés au fil de cette série convergent vers un même constat. Qu’il s’agisse du Pr Florian Scotté, attaché à préserver la décision partagée et la place du soignant, de la Dr Marie Sockeel, qui relie directement innovation, accès au marché et souveraineté numérique, ou du Pr Cécile Badoual, qui insiste sur le temps médical et le doute clinique, tous rappellent que l’IA en santé ne se résume pas à une performance technique. Les questions de souveraineté, de protection, de financement de l’accès aux données et de structuration des prélèvements ne sont pas périphériques : elles constituent l’infrastructure même de l’innovation en santé.
Un trésor que nous exploitons trop peu
La France se trouve face à un paradoxe stratégique. Avec le Système national des données de santé (SNDS), elle dispose d’un patrimoine médico-administratif d’une ampleur exceptionnelle, couvrant la quasi-totalité de la population et souvent présenté comme l’un des plus riches au monde. Créé par la loi de modernisation de notre système de santé du 26 janvier 2016, puis élargi par la loi du 24 juillet 2019, le SNDS agrège notamment les remboursements de l’Assurance maladie, l’activité hospitalière et les causes médicales de décès.
Un tel actif devrait constituer un avantage comparatif majeur pour la recherche, l’évaluation des politiques publiques, la pharmacovigilance et le développement d’innovations fondées sur des preuves en vie réelle. Il demeure pourtant insuffisamment exploité. La difficulté n’est pas seulement juridique ; elle est aussi technique, organisationnelle et culturelle. Détenir une donnée n’équivaut pas à pouvoir l’utiliser : encore faut-il qu’elle soit qualifiée, documentée, interopérable et accessible dans des conditions prévisibles.
Repère · Le SNDS, mémoire administrative de notre système de santé Le Système national des données de santé est l’un des grands actifs invisibles de la puissance sanitaire française. Il relie les principales bases médico-administratives du pays (remboursements de l’Assurance maladie, activité hospitalière, causes médicales de décès) et couvre la quasi-totalité de la population. Sa valeur ne tient pas seulement à son volume, mais à sa continuité : il permet de suivre les parcours de soin, d’évaluer les pratiques et de produire des connaissances en vie réelle. Parce qu’il porte sur des données particulièrement sensibles, son accès reste strictement encadré : les données mises à disposition ne comportent pas, en principe, d’identifiants directement lisibles, et leur réutilisation suppose des autorisations, des finalités définies et des garanties de sécurité.
La souveraineté sort enfin du discours
La question de la souveraineté numérique en santé illustre le passage d’un débat de principe à une décision industrielle. Depuis sa création en 2019, la Plateforme des données de santé s’appuyait sur l’infrastructure cloud de Microsoft Azure, choix qui avait nourri une controverse durable en raison des risques associés à l’extraterritorialité du droit américain. Pour des données aussi sensibles que les données de santé, la localisation juridique et opérationnelle de l’hébergement n’est pas un détail technique : elle participe directement de la confiance publique.
Le choix annoncé le 23 avril 2026 de confier l’hébergement à Scaleway, filiale française du groupe Iliad, marque une inflexion politique nette. La migration vers un cloud souverain vise à renforcer la sécurité, la maîtrise technologique et la confiance des acteurs de la recherche comme des citoyens. Elle ne règle pas à elle seule l’ensemble des questions : la trajectoire de qualification SecNumCloud, les exigences de sécurité, la résilience opérationnelle et la capacité à accompagner des usages scientifiques à grande échelle devront être suivies dans la durée. Mais elle transforme la souveraineté numérique en donnée concrète de politique publique.
Cette dimension est d’autant plus centrale que l’innovation française se heurte à une concurrence internationale déjà structurée. La Dr Marie Sockeel le soulignait dans cette série à propos de l’anatomopathologie : les outils existent, les besoins cliniques sont avérés, mais l’accès au marché, l’évaluation médico-économique et le financement hospitalier conditionnent leur diffusion réelle. La souveraineté ne consiste donc pas seulement à héberger les données en France : elle suppose aussi de donner aux innovations utiles les moyens d’être évaluées, financées et déployées sur le territoire.
Un cadre européen qui rebat les cartes
Cette inflexion nationale s’inscrit dans un mouvement européen plus large. Le règlement relatif à l’Espace européen des données de santé, publié au Journal officiel de l’Union européenne le 5 mars 2025 et entré en vigueur le 26 mars 2025, crée le premier cadre sectoriel européen destiné à organiser l’accès, le partage et la réutilisation des données de santé.
Le règlement distingue deux usages structurants :
l’usage primaire vise à permettre aux citoyens d’accéder plus facilement à leurs données et à améliorer la continuité des soins, notamment dans un cadre transfrontalier.
l’usage secondaire organise la réutilisation des données pour la recherche, l’innovation, les politiques publiques et les activités réglementaires, dans des environnements sécurisés et sous contrôle.
Ce compromis européen repose sur une ligne de crête : faciliter l’accès aux données sans affaiblir les droits des personnes ni la protection des usages sensibles.
Les principaux actes d’exécution doivent être adoptés d’ici 2027, tandis que l’application des obligations les plus structurantes s’échelonnera à partir de 2029. Or les capacités requises (qualité des données, interopérabilité, gouvernance des accès, traçabilité, sécurisation des environnements) ne se construisent pas en quelques mois. Les États, établissements et acteurs industriels qui anticiperont cette transition disposeront d’un avantage décisif.
En France, cette mise en œuvre suppose de désigner l’organisme responsable de l’accès aux données (ORAD), pendant national du Health Data Access Body prévu par le règlement. Cette désignation, attendue dans le cadre d’un projet de loi en 2026 et à notifier à la Commission européenne d’ici mars 2027, n’est pas encore tranchée : les missions concernées sont aujourd’hui réparties entre la CNIL, la Plateforme des données de santé et le comité éthique et scientifique compétent. La Plateforme des données de santé apparaît comme l’acteur le mieux placé, mais rien n’est encore acté.
L’EHDS marque ainsi un changement de doctrine : après une séquence dominée par la protection et la mise en conformité, l’Europe affirme que la circulation encadrée des données peut devenir un instrument de puissance scientifique, industrielle et sanitaire. Le RGPD demeure le socle ; l’EHDS ajoute une ambition d’usage. La difficulté consistera à faire coexister protection, efficacité administrative et capacité d’innovation.
Repère · L’EHDS, le pari européen de la circulation encadrée Avec l’Espace européen des données de santé, l’Union européenne tente de résoudre une tension centrale : mieux faire circuler les données de santé sans affaiblir la protection des personnes. Le règlement crée un cadre commun pour deux usages : l’accès des citoyens à leurs propres données et leur réutilisation, sous contrôle, pour la recherche, l’innovation, les politiques publiques et les activités réglementaires. Le changement est considérable : l’Europe ne considère plus seulement la donnée de santé comme une information à protéger, mais aussi comme une ressource d’intérêt général à gouverner. Le RGPD demeure le socle, tandis que l’EHDS ajoute une ambition d’usage, d’interopérabilité et de circulation sécurisée. Son application sera progressive : les actes d’exécution sont attendus d’ici 2027, avant une première vague d’obligations à partir de 2029, puis une seconde à partir de 2031, notamment pour l’imagerie médicale, les résultats de laboratoire et les données génomiques. Le calendrier laisse du temps, mais pas de marge d’improvisation.
Ouvrir, protéger, structurer : l’équation à trois termes
Les prochaines années imposeront de tenir ensemble trois impératifs que le débat public oppose trop souvent :
le premier est l’ouverture : sans accès effectif aux données, la recherche, l’évaluation et les entreprises innovantes resteront dépendantes de jeux fragmentés, insuffisants ou difficilement comparables.
le deuxième est la confiance : sans garanties fortes sur la sécurité, les finalités d’usage et la transparence, l’acceptabilité sociale de l’innovation s’érodera.
le troisième est la gouvernance : sans règles lisibles, délais prévisibles et responsabilités clairement établies, les meilleures intentions se heurteront à l’inertie institutionnelle.
Le modèle économique de cet accès sera également décisif. Les détenteurs de données ne peuvent être traités comme de simples réservoirs passifs : ils supportent des coûts de production, de documentation, de sécurisation et de mise à disposition. En reconnaissant la possibilité de redevances et de garanties relatives à la propriété intellectuelle comme au secret des affaires, le cadre européen ouvre la voie à un partage plus soutenable, à condition que celui-ci ne reconstitue pas des barrières d’accès excessives.
Reste l’enjeu le moins visible, mais probablement le plus déterminant : la structuration. Une donnée de santé n’a de valeur collective que si elle peut être comprise, comparée, reliée et réutilisée. Cela suppose des standards, des investissements, des compétences et un accompagnement des équipes qui produisent la donnée au plus près du soin. La souveraineté de l’hébergement et l’ambition européenne ne produiront leurs effets que si la France investit dans cette infrastructure ordinaire de la qualité.
Cette exigence rejoint également l’idée d’un « soignant augmenté » : non pas un professionnel remplacé par la machine, mais un clinicien capable de gagner du temps sans renoncer au doute. C’est dans cette articulation entre données de qualité, outils compréhensibles et responsabilité humaine que l’IA peut devenir un instrument de soin plutôt qu’un facteur d’automatisation aveugle.
Le socle d’une République de la prévention
L’innovation en santé ne se jouera donc pas uniquement dans les laboratoires, les start-up ou les modèles d’intelligence artificielle. Elle se jouera dans une infrastructure moins spectaculaire, mais plus décisive : la capacité collective à gouverner les données de santé comme un bien stratégique. Les protéger, les rendre accessibles, les documenter, les héberger dans des conditions maîtrisées et les mettre au service de finalités d’intérêt général : tel est le véritable agenda des prochaines années. Comme le rappelait le Pr Florian Scotté, l’IA ne doit pas devenir un effecteur qui décide à la place du médecin ; elle doit demeurer un outil au service d’une décision médicale partagée.
Cette exigence rejoint une ambition plus large : passer d’un système centré sur la réparation à une République de la prévention. La répartition actuelle des dépenses, massivement orientée vers le curatif (80% pour le curatif, 20% pour le préventif), ne pourra durablement soutenir les besoins sanitaires et démographiques des prochaines décennies. Donner corps à cette ambition suppose de détecter plus tôt, de comprendre les trajectoires de santé, d’identifier les signaux faibles et d’évaluer les politiques publiques sur des bases objectivées. Sans données fiables, gouvernées et exploitables, cette ambition restera déclarative ; avec elles, la France peut transformer son patrimoine de santé en un levier de prévention, de souveraineté et de progrès médical.
David Smadja est professeur d’hématologie à l’AP-HP et à l’Université Paris Cité, responsable de la Commission Santé du Laboratoire de la République. Il est l’auteur de « La République de la prévention » aux éditions LEH.
Léa Behr est CEO de RespublicIA et membre de la Commission Santé du Laboratoire de la République.
Rendez-vous mardi 8 septembre pour le prochain épisode
« Les mardis de l’innovation en santé »
Sources
Commission européenne, « Règlement relatif à l’espace européen des données de santé (EHDS) », health.ec.europa.eu (calendrier, usages primaire et secondaire, estimations économiques).
Règlement (UE) 2025/327 du Parlement européen et du Conseil du 11 février 2025 relatif à l’espace européen des données de santé, Journal officiel de l’UE, 5 mars 2025.
Ministère de la Santé (sante.gouv.fr) et Délégation au numérique en santé : mise en œuvre de l’EHDS en France, concertation publique de 2025, calendrier national.
Doctrine du numérique en santé et G_NIUS (esante.gouv.fr) : usage secondaire, Organisme responsable de l’accès aux données (ORAD), statut de détenteur de données, redevances et garanties.
Choix de Scaleway pour l’hébergement du SNDS, annonce du ministère de la Santé et du Health Data Hub, 23 avril 2026.
Assurance maladie (ameli.fr), CNIL, Inserm, DREES : présentation du SNDS, périmètre, bases constitutives et cadre légal (lois n° 2016-41 du 26 janvier 2016 et n° 2019-774 du 24 juillet 2019).
Entretiens « Les mardis de l’innovation en santé » : Pr Florian Scotté, « Si on laisse l’IA décider de tout, on n’est plus dans le partage », 14 juillet 2026 ; Dr Marie Sockeel, « Nos concurrents internationaux sont féroces, ils ne vont pas laisser passer le marché », 21 juillet 2026 ; Pr Cécile Badoual, « Le soignant augmenté : gagner du temps sans perdre le doute ».